Helm помечает сами ресурсы: label app.kubernetes.io/managed-by: Helm плюс аннотации meta.helm.sh/release-name и release-namespace, а полные манифесты каждой ревизии релиза хранит в Secret-е в namespace релиза. При install/upgrade Helm сверяет метки и отказывается трогать ресурсы, принадлежащие другому релизу.