Не одним запросом. Основные приёмы:
- батчами по несколько тысяч строк в отдельных транзакциях с небольшой паузой между ними;
- либо скопировать нужное в новую таблицу и переименовать её на место старой;
- окно низкой нагрузки (ночь) и бэкап заранее.
Цель — не держать одну гигантскую транзакцию и не заваливать журнал/репликацию.