По умолчанию mysqldump блокирует таблицы на время дампа — на большой базе это минуты-часы, в течение которых приложение не может писать (а то и читать). Лечится:
- --single-transaction — консистентный дамп InnoDB без блокировок (через MVCC-снапшот);
- --skip-lock-tables — для MyISAM;
- Percona XtraBackup — физический горячий бэкап без остановки записи.