Загрузчик (GRUB) → ядро Linux → демоны (cron, sshd) → командная оболочка (bash/zsh) → системные утилиты (ls, cp, grep) → графический сервер (X.org/Wayland) → среда рабочего стола (GNOME/KDE/Xfce) → прикладные программы. Ядро + окружение и делает из «голого» ядра полноценный дистрибутив-ОС.