ext4 — для универсальных нагрузок, много мелких файлов и активной работы с метаданными; статические inode, можно уменьшать раздел, надёжнее на медленных дисках. XFS — для больших разделов/файлов и высокой параллельной нагрузки большими объёмами; динамические inode, отлично масштабируется, но раздел нельзя уменьшить.