После helm upgrade Helm сгенерирует манифест с replicas: 3 и применит его. Deployment Controller сравнит desired state (3) с current state (5) и выполнит scale-down: аккуратно удалит 2 пода (с учётом стратегии RollingUpdate). Останется 3 пода; при необходимости helm rollback вернёт прежнее состояние.